Свою футбольную карьеру начал в «Факеле». В 16 лет уехал в Германию на просмотр в «Штутгарт». Но закрепиться в составе не сумел и перешел в «Карлсруэ». В 2005 году он перешел в «Нюрнберг». Иван Саенко, со временем стал одним из лидеров клуба. В сезоне-2006/07 «Нюрнберг» успешно выступил в бундеслиге и завоевал Кубок Германии, не последнюю роль в этом успехе сыграл российский футболист.

В августе 2008 года подписал четырехлетний контракт с московским «Спартаком». В составе сборной России стал бронзовым призером Евро-2008.